版权作品登记与商标注册是两种不同的知识产权保护方式，它们之间存在以下主要区别：

1. **申请机构不同**：商标注册的申请部门是商标局，而版权的登记申请部门是版权保护中心。

2. **保护对象不同**：商标主要用于保护商品或服务的标志，确保其独特性和识别性；而版权则用于保护文学、艺术和科学作品的原创性，确保作者的权益不受侵犯。

3. **保护期限不同**：商标的保护期限通常为10年，但可以通过续展的方式无限次延长；版权的保护期限通常为作者生前加70年，对于合作作品，保护期限以最后一位作者去世后的70年为准。

4. **保护原则不同**：商标实行申请在先原则，即需要申请并核准注册的商标才具有商标专用权；而版权则不需要注册，一旦作品创作完成，作者就自动享有版权。

5. **侵权处理方式不同**：对于商标侵权，可以请求工商行政管理部门处理，也可以直接向法院提起诉讼；而对于版权侵权，可以直接向法院提起诉讼。